Dalam bercocok tanam bawang merah sudah sering didapatkan hama penyakit yang biasa dihadapi oleh petani bawang di Indonesia. Disini bakal dikupas lagi sebagian penyakit utama yang riskan pada flora bawang.
1. Penyakit cekik atau " dumping off "
Penyakit ini kerap menyerang flora muda yang ditanam dari biji pada dikala tetap dipersemaian. Cendawan ini menyerang segi flora dibawah tanah hingga leher batang (sisi di permukaan tanah), hingga akar serta leher batang amis serta jadi kering. Lalu flora bakal layu secara tiba-tiba tiada berikan gejala menguoing pada daunnya. Penyakit ini dapat ditularkan melalui biji. Pencegahannya adalah dengan berikan perlakuan pada bijinya sebelum dikala ditanam.
2. Penyakit mati pucuk
Penyakit ini semula menyerang ujung daun hingga warnanya menguning, kemudian sel-selnya mati serta jadi kering. Setelah itu gejala menjalar ke bawah hingga ± 15 cm. Sisi daun yang kering ini akhimya terkulai ke bawah sembari menghasilkan pilin. Penyakit ini disebarkan melalui hawa, serta bersembunyi dalam tanah. Serangan dapat muncul setiap waktu dikala flora mulai berusia 1/2 bln..
3. Penyakit Trotot atau Downy Mildew atau Embun Upas
Penyakit ini dapat menyerang dengan cara systemis atau setempat serta disebarluaskan melalui hawa. Tanaman yang diserang bakal merana serta daunnya bakal jadi pucat dan menguning. Apabila hawa lembab daun yang diserang bakal tunjukkan gejala bintik-bintik berwarna ungu. Apabila hawa kering bakal tunjukkan bintik-bintik putih sedemikian rupa, hingga daun itu bintik-bintik besar. Serangan ini bakal muncul pada kelembapan hawa yang tinggi serta suhu yang dingin, adalah pada 4-25°C. Pada isu terkini kemarau yang malamnya masbodoh serta lembab penyakit bakal menyerang hebat. Pada isu terkini hujan, serangan penyakit ini dapat membuat kegagalan untuk semua tanaman. Pencegahan dapat dilakukan dengan pemanasan kering (dry heating) dengan suhu 41°C sepanjang makin lebih 4 jam pada umbi-umbi bibit yang disangka memiliki kandungan penyakit embun itu
4. Penyakit Noda Ungu
Penyakit ini menyerang daun, tangkai bunga serta umbi bawang. Penyakit ini menyerang flora bawang melalui luka atau lisan kulit. serta berikan gejala bintik bundar konsentris wama ungu pada pusatnya yang melebar jadi makin tidak tebal serta pada risikonya berwarna abu-abu pada tempat sekitarnya. Sisi yang rusak ini lazimnya menghasilkan cekungan. Disangka penyebaran penyakit ini melalui umbi bibit serta percikan air dari dalam tanah. Gejalanya kerap muncul serempak dengan penyakit embun upas. Penyakit ini sukar diberantas, tetapi pada bawang merah lebih tahan dari pada bawang Bombay, hingga penyakit ini tidak sering didapatkan pada flora bawang merah.